Com obras paradas desde setembro de 2019, quando o contrato foi suspenso pela falta de pagamento por parte do governo do estado, o Instituto de Educação Flores da Cunha está ameaçado de se transformar em um Centro de Desenvolvimento dos Profissionais da Educação, do Centro Gaúcho de Educação Mediada por Tecnologias e do Museu Escola do Amanhã, conforme anunciou o governador Eduardo Leite (PSDB), em outubro deste ano. Sem consultar a comunidade escolar, o governo pretende incluir o prédio no programa Avançar na Educação, destinando R$ 59,3 milhões para a conclusão das obras de restauro um museu. Contrários à decisão unilareral, estudantes, pais, membros da direção e da comunidade escolar participaram de uma manifestação em defesa da conclusão da reforma da escola, iniciada em 2016 e parada desde 2019, e o retorno das turmas, que desde o início das obras estão divididas em outras três escolas estaduais.
